Materials Studio2023新版本上線!
Materials Studio2023修復(fù)了以往版本中的缺陷,增強(qiáng)了老版本的多種功能。特別新增了分子力場(chǎng)種類和DPD方法中靜電相互作用計(jì)算功能。
新功能:
(1) 在DPD計(jì)算中包括靜電相互作用
(2) 使用Martini 3參數(shù)自動(dòng)賦值
(3)將DFTB+應(yīng)用于一些過渡金屬氧化物
(4) 在GULP中使用新型通用力場(chǎng)GFN-FF
增強(qiáng)功能:
(1) MESOCITE DPD使用高斯分布賦予珠的電荷,支持靜電相互作用能計(jì)算。
(2) MESOCITE和FORSITE分析功能支持從密度場(chǎng)計(jì)算結(jié)構(gòu)因子。
(3) CASTEP可對(duì)自旋極化(磁)系統(tǒng)的振動(dòng)特性進(jìn)行線性響應(yīng)計(jì)算。
(4) MESOCITE和FORSITE分析支持各向異性壓力分析。
(5) 腳本可以識(shí)別分子和片段的SMILES和化學(xué)名稱。使用腳本來分析模擬單元的內(nèi)容或軌跡過程中不同試劑的變化。
(6) 用于處理Protocols的控件現(xiàn)在位于Pipeline Pilot protocols對(duì)話框的頂部,以便您可以更輕松地管理對(duì)話框的大小和位置。
(7)CASTEP DFT+U不再需要非磁性系統(tǒng)的自旋極化設(shè)置,這樣的計(jì)算速度至少快兩倍。
(8) COSMO隱式溶劑化模型現(xiàn)在在DFTB+中可用。
(9) Martini 3工具得到了增強(qiáng),并包含了一個(gè)新的MS Martini 3粗粒度函數(shù),該函數(shù)從原子模型中生成介觀結(jié)構(gòu)模型,包括基于研究表單的珠映射和力場(chǎng)類型分配。此功能允許您使用自定義的MS Martini 3力場(chǎng)生成介觀結(jié)構(gòu)模型,包括價(jià)項(xiàng)。
(10) DMol3文檔中解釋了內(nèi)嵌晶體軌道哈密頓布局?jǐn)?shù)(Crystal Orbital Hamitonian Populations,COHP)的含義。
(11) GULP“計(jì)算鉆石的屬性”教程反映了應(yīng)用程序的當(dāng)前狀態(tài)。
(12)“Pipeline Pilot協(xié)議”對(duì)話框報(bào)告了Pipeline Pilot服務(wù)器上安裝的Materials Studio Collection的版本。
(13) DFTB+服務(wù)器更新到22.1。因此,使用DFTB+的調(diào)試(客戶端)腳本不再可能。
(14) FORCITE GPU計(jì)算支持嵌入式Atom模型。
(15) 對(duì)FORCITE動(dòng)態(tài)GPU算法的更新,提供了顯著的性能增強(qiáng)。
(16) 可以從菜單欄中的“工具”>“Materials Studio腳本”訪問一系列準(zhǔn)備好的腳本工具。這些腳本以前作為示例提供,手動(dòng)添加到用戶菜單。
(17) 可以將GULP中兩體相互作用多項(xiàng)式勢(shì)項(xiàng),擬合到八階。
(18) 通過“Pipeline Pilot Protocols”對(duì)話框訪問一組量子化學(xué)協(xié)議,包括TURBOMOLE工作流。
(19) CASTEP提供了隱式溶劑模型下的力計(jì)算。這允許您執(zhí)行幾何優(yōu)化、分子動(dòng)力學(xué)和考慮溶劑影響的其他任務(wù)。
(20) 新型通用力場(chǎng)GFN-FF的周期性版本在GULP中實(shí)現(xiàn)。這是一種完全自動(dòng)化的極化力場(chǎng),具有近乎量子力學(xué)精度,如J. Gale et al., J. Chem. Theory Comput. 17(2021)7827–7849描述。
(21) 可以將運(yùn)行在Materials Studio客戶端計(jì)算機(jī)上的本地網(wǎng)關(guān)配置為不使用Apache,同時(shí)為本地用戶保留完整的網(wǎng)關(guān)功能。
(22) Materials Studio工具欄中CCDC模塊的圖標(biāo)現(xiàn)在具有更現(xiàn)代的外觀。
(23) 可以從Materials Studio菜單欄中的_Tools>Materials Studio scripts_訪問一組準(zhǔn)備好的MS Martini 3腳本。
(24) Materials Studio文檔現(xiàn)在有一個(gè)新的教程,演示了使用Martini 3工具的聚合物粗?;瘡娜幽P烷_始構(gòu)建介觀結(jié)構(gòu),并使用珠映射模板生成自定義MS Martini 3力場(chǎng)。本教程還介紹了如何創(chuàng)建自定義珠映射模板,并使用Mesocite模塊使用使用協(xié)議生成的介觀結(jié)構(gòu)和自定義MS Martini 3力場(chǎng)運(yùn)行動(dòng)力學(xué)模擬。
(25) 新的CERIA和TiO2納米參數(shù)集為DFTB+中的一些附加金屬氧化物提供了支持。
(26) ONETEP中的混合交換相關(guān)函數(shù)擴(kuò)展到3D周期系統(tǒng),而不僅僅是“盒子中的分子”幾何結(jié)構(gòu)描述。
(27) ONETEP服務(wù)器升級(jí)到6.1.12版本。
(28) GULP服務(wù)器更新到6.1版。
(29) 新的教程演示了使用粗粒度方法和生成自定義Martini3力場(chǎng)協(xié)議從全原子模型開始構(gòu)建介觀結(jié)構(gòu)過程,并使用珠映射模板生成自定義MS Martini 3力場(chǎng)。本教程還介紹了如何創(chuàng)建自定義珠映射模板,并使用Mesocite模塊使用協(xié)議生成的介觀結(jié)構(gòu)和自定義MS Martini 3力場(chǎng)運(yùn)行動(dòng)力學(xué)模擬過程。
(30) FlexTS路徑軌跡現(xiàn)在以正確的順序提供。FlexTS中的NEB路徑閾值現(xiàn)在確保了復(fù)雜反應(yīng)路徑的更穩(wěn)定收斂。DMol3和DFTB+的“計(jì)算分子開關(guān)的最小能量路徑”教程中的工作流程已經(jīng)改進(jìn)。
(31) COMPASSII水模型提供了更準(zhǔn)確的擴(kuò)散系數(shù)預(yù)測(cè)。
(32) 可以在NVIDIA GPU上運(yùn)行介觀耗散粒子動(dòng)力學(xué)(DPD)計(jì)算。
修復(fù)的缺陷:
(1) 當(dāng)嘗試連接到無響應(yīng)的Pipeline Pilot服務(wù)器時(shí),Materials Studio不再凍結(jié)。
(2) Forcite的徑向分布函數(shù)分析支持超過65000個(gè)原子的系統(tǒng)。
(3) 改進(jìn)了使用非局部混合泛函的CASTEP應(yīng)力評(píng)估功能。可以使用任何非局部或混合交換-相關(guān)函數(shù)計(jì)算應(yīng)力并執(zhí)行需要應(yīng)力張量的任務(wù)(細(xì)胞優(yōu)化、可變細(xì)胞分子動(dòng)力學(xué)、彈性常數(shù)計(jì)算)。當(dāng)將非局域交換相關(guān)泛函應(yīng)用于絕緣體或半導(dǎo)體時(shí),CASTEP不再使用能量的恒定位移(Hartree-Fock散度校正)。這種發(fā)散修正只影響Hartree-Fock計(jì)算,其中一個(gè)帶穿過費(fèi)米能級(jí)并在電勢(shì)中產(chǎn)生奇點(diǎn)。由于這一變化,使用固定電子占用計(jì)算的總能量與以前版本的Materials Studio不同。新的結(jié)果更加物理化,產(chǎn)生的總能量與應(yīng)力張量一致。
(4) 不再支持Windows上的PBS Pro排隊(duì)系統(tǒng)。
(5) 立方體系應(yīng)力張量的CASTEP DFT+U計(jì)算不再返回不一致的值。
(6) CreateSet函數(shù)不再允許您創(chuàng)建具有相同名稱的多個(gè)集合。
(7) 如果未找到特定空間組的結(jié)構(gòu),Polymorph預(yù)測(cè)計(jì)算將不再以無用的錯(cuò)誤消息結(jié)束。
(8) 可以調(diào)整線性插值生成聲子q點(diǎn)網(wǎng)格,使其與CASTEP聲子計(jì)算中的電子k點(diǎn)網(wǎng)格相稱。
(9) 在Forcite中使用GPU計(jì)算Morse色散相互作用不再給出錯(cuò)誤的結(jié)果。
(10) FlexTS生成的軌跡可以自動(dòng)監(jiān)測(cè)鍵合情況,以顯示反應(yīng)。
(11) 部署在Materials Studio Gateway中的Apache版本已更新為2.4.54,適用于Windows和Linux操作系統(tǒng)。
(12) Forcite允許對(duì)1-4對(duì)缺失扭轉(zhuǎn)項(xiàng)進(jìn)行1-4范德華標(biāo)定。如果為扭轉(zhuǎn)項(xiàng)指定“忽略”,則Forcite始終完全標(biāo)定1-4范德華相互作用,而不依賴于范德華1-4標(biāo)定的選擇。
(13) 當(dāng)力場(chǎng)類型的序列是對(duì)稱時(shí),某些力場(chǎng)函數(shù)形式在邏輯上要求某些參數(shù)相等。例如,當(dāng)i和k原子具有相同類型時(shí),拉伸-彎曲-拉伸相互作用的兩個(gè)常數(shù)必須相同。forcefield MaterialsScript API通過報(bào)告非法參數(shù)值組合的錯(cuò)誤來強(qiáng)制執(zhí)行這些約束。
(14) 并行運(yùn)行的長DFTB+分子動(dòng)力學(xué)模擬在大量步驟后不再失敗。
(15) Amorphous Cell Packing可以正確檢查原點(diǎn)發(fā)生變化的結(jié)構(gòu)中的環(huán)刺。
(16) 將文檔導(dǎo)出到早期版本時(shí),支持的早期版本列表已設(shè)置為Materials Studio 2020和更高版本。
(17) 當(dāng)嘗試選擇具有長名稱的力場(chǎng)時(shí),Mesocite對(duì)話框中的力場(chǎng)瀏覽器不再報(bào)告錯(cuò)誤。
(18) 當(dāng)從結(jié)構(gòu)文檔填充原子選項(xiàng)卡,然后在結(jié)構(gòu)文檔關(guān)閉后關(guān)閉對(duì)話框時(shí),反射粉末細(xì)化對(duì)話框不再報(bào)告場(chǎng)景中的錯(cuò)誤。
(19) 當(dāng)從結(jié)構(gòu)文檔填充原子選項(xiàng)卡,然后在結(jié)構(gòu)文檔關(guān)閉后關(guān)閉對(duì)話框時(shí),反射粉末細(xì)化對(duì)話框不再報(bào)告場(chǎng)景中的錯(cuò)誤。
(20) FORCITE中的內(nèi)聚能量密度計(jì)算任務(wù)可以正確處理負(fù)CED貢獻(xiàn)。
(21) CASTEP NMR結(jié)果文件現(xiàn)在已為大型系統(tǒng)(超過100個(gè)原子)正確格式化。
(22) COMPASSII中氫氧根陰離子的電荷已經(jīng)修正。
(23) 改進(jìn)了生成臨時(shí)文件夾名稱的機(jī)制,以避免在運(yùn)行CASTEP和QMERA作業(yè)時(shí)發(fā)生運(yùn)行時(shí)沖突。
(24) Materials Studio現(xiàn)在可以正確設(shè)置DFT CASTEP計(jì)算的MBD*方法。
(25) 使用默認(rèn)參數(shù)對(duì)Morse勢(shì)進(jìn)行的長程校正現(xiàn)在返回0。
(26) 導(dǎo)入帶有很長注釋行的xyz文件時(shí)的Materials Studio錯(cuò)誤已更正。
(27) Materials Studio現(xiàn)在使用更強(qiáng)壯的文件系統(tǒng)庫進(jìn)行作業(yè)管理。
(28) Materials Studio阻止使用非共線自旋排列開始DFT+U CASTEP計(jì)算的嘗試。
(29) 在安全網(wǎng)關(guān)上使用ReactiveFinder。
(30) 修復(fù)一個(gè)bug,可以在同一次運(yùn)行中進(jìn)行拉曼分析后,分析結(jié)構(gòu)演變以進(jìn)行幾何優(yōu)化。
(31) 通過指定UseGPU腳本屬性,從命令行(即使用RunMatScript.sh)在GPU上使用Forcite和Mesocite運(yùn)行腳本。
(32) FORCITE分析的MaterialsScript API散射函數(shù)的幫助主題不再表明散射波長屬性僅適用于中子輻射。
(33) 可以在“珠類型”對(duì)話框中輸入較大的珠質(zhì)量。
(34) 可視化工具文檔中的示例TBL文件已修改為符合Materials Studio支持的格式。
(35) 生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程過程現(xiàn)在使用新引入的Materials Studio腳本菜單中的工具。
(36) Materials Studio聯(lián)機(jī)幫助中遠(yuǎn)程網(wǎng)關(guān)網(wǎng)頁的參考圖像現(xiàn)已更新。
(37) 生成MS Martini 3 Forcefield和Bead Topology教程反映了Martini 3 Tools的最新改進(jìn),并展示了如何使用Materials Studio腳本菜單中提供的準(zhǔn)備好的腳本。
(38) 利用布里淵區(qū)的非Gamma k點(diǎn)采樣進(jìn)行的CASTEP TD-DFT計(jì)算現(xiàn)已成功完成。
(39) 使用多個(gè)未優(yōu)化結(jié)構(gòu)和聲子頻率作為可觀測(cè)值的GULP力場(chǎng)擬合已經(jīng)成功完成。
(40) COMPASSIII可以預(yù)測(cè)所有共振形式的呋氧嘧啶的平面幾何結(jié)構(gòu)。
(41) o1-_type的一些默認(rèn)鍵拉伸交互作用已添加到COMPASSIII中。
(42) FORCITE勢(shì)能成分分析現(xiàn)在可以用于基于xyz文件格式的軌跡文檔(xtd)。
(43) Pipeline Pilot協(xié)議作業(yè)的“作業(yè)完成”對(duì)話框現(xiàn)在顯示在Materials Studio Visualizer窗口的頂部。
(44) QSAR模型編輯器對(duì)話框現(xiàn)在根據(jù)允許的范圍正確檢查輸入。
(45) Adsorption Locator文檔清楚地描述了用于計(jì)算基質(zhì)-吸附物構(gòu)型能量的系統(tǒng)狀態(tài)。
(46) 在調(diào)試模式下運(yùn)行某些特定腳本時(shí),F(xiàn)orcite和Mesocite分析對(duì)話框偶爾遇到的錯(cuò)誤已得到解決。
(47) 修正了六氟化硫和硫甲醛中的COMPASSIII相互作用。
(48) COMPASSIII中全氟烷的扭轉(zhuǎn)相互作用已經(jīng)更新。
(49) 腳本API F1幫助查找現(xiàn)在包含指向StudyTable類文檔的直接鏈接。
(50)“創(chuàng)建DPD力場(chǎng)”對(duì)話框現(xiàn)在生成的力場(chǎng)類型名稱為6個(gè)字符,而不是5個(gè)字符。
(51) 帶電片段之間的靜電力和范德華力的計(jì)算不再受到不連續(xù)性的影響。
(52) Forcite不再計(jì)算某些連續(xù)周期結(jié)構(gòu)的不正確能量和力,這些結(jié)構(gòu)具有標(biāo)度為1-4的非鍵相互作用。
(53) Materials Studio安裝程序現(xiàn)在啟動(dòng)之前安裝一些附加庫,這樣可以防止在安裝過程中發(fā)生錯(cuò)誤。
(54) Forcefield Viewer的“類型”選項(xiàng)卡上的幫助主題現(xiàn)在包含一個(gè)指向描述如何創(chuàng)建和編輯類型的任務(wù)的鏈接。
(55) Berry phase極化的CASTEP計(jì)算結(jié)果輸出現(xiàn)在對(duì)計(jì)算值的輸出范圍使用正確的標(biāo)簽。
(56) 對(duì)于法語區(qū)域設(shè)置,MesoDyn計(jì)算對(duì)話框上的交互值現(xiàn)在格式正確。
(57) Forcite和Mesocite中的徑向分布函數(shù)分析現(xiàn)在將模塊名稱包含在為結(jié)構(gòu)因子生成的圖表和研究表文檔中。
(58)“構(gòu)建Mesostructure”對(duì)話框現(xiàn)在可以正確處理使用與可用大小寫不匹配的填充名稱。
(59) 空間群221的長名稱先前錯(cuò)誤地顯示為“PM-3M”,現(xiàn)在顯示正確的名稱“P4/M-32/M”。請(qǐng)注意,CrystalBuilder腳本API也接受了不正確的格式,因此可能需要更改腳本以使用短格式或正確的長格式。
(60) MaterialsScript文檔包含有關(guān)倒空間向量的信息。
(61)“力場(chǎng)首選項(xiàng)”對(duì)話框中,使用5個(gè)有效數(shù)字指定范德華和靜電1-4縮放因子時(shí),這些因子現(xiàn)在將正確顯示。
(62) 在“計(jì)算分子開關(guān)的最小能量路徑”DFTB+和DMol3教程中提供了一個(gè)示例結(jié)構(gòu)。
(63) 教程“計(jì)算分子開關(guān)的最小能量路徑”的說明已經(jīng)改進(jìn)。
(64) DFTB+參數(shù)對(duì)話框中網(wǎng)格分辨率下拉列表的刷新現(xiàn)在是正確的。
(65) 反應(yīng)路徑顯示protocol幫助,包括如何指定能量偏移以定制輸出的說明。
(66) Materials Studio在線幫助現(xiàn)在包含有關(guān)如何將3D模型文檔的全部內(nèi)容用作MaterialsScript集合的信息。
已知缺陷:
(1) 在某些情況下,大分子或大基組的DMol3 TD-DFT計(jì)算可能導(dǎo)致整數(shù)溢出。解決方法:使用較小的基組或在單個(gè)核心上運(yùn)行。
(2) 具有高激發(fā)密度的大系統(tǒng)的光學(xué)性質(zhì)的CASTEP TD-DFT計(jì)算可能產(chǎn)生非物理介電函數(shù)和相關(guān)的光學(xué)性質(zhì)。
(3) ONETEP生成的局部態(tài)密度圖表,目前抵消掉帶隙的一半。
(4) 從Materials Studio 2021或2022導(dǎo)入*xms文件時(shí)報(bào)告了一個(gè)問題,某些對(duì)話框的設(shè)置未保留。
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