共赴一場模擬盛宴|分子動力學進階課程預告
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歷經長時間的打磨,北京泰科和計算老司機團隊在Materials Studio課程體系建設中,推出又一精品課程。
分子動力學(Molecular Dynamics,MD),是當前研究大型復雜體系最為廣泛使用的方法,頻繁活躍在眾多學科或研究領域中,如有機物體系、高分子與聚合物體系、生物化學分子體系、溶液體系、單相(液相、固相)表面、多相界面(液-液、固-液、固-固、氣-液等)、金屬與無機物材料等,每年發(fā)表的涉及MD模擬的SCI論文數(shù)以千篇計。
MD模擬的學習過程可以分為兩個階段:第一個階段,學習MD的基礎理論與實踐操作,掌握常見模型的構建、基礎核心參數(shù)(力場和電荷)與MD核心參數(shù)的設置、常見結果參數(shù)的分析,謂之“基礎”;第二個階段,進一步挖掘、拓展MD模擬的應用范圍,設計更復雜的模型,并輔以大量腳本的使用,研究基礎階段無法研究的實際過程,計算基礎階段難以計算的結果參數(shù),謂之“進階”。舉個例子,就結果分析而言,基礎階段主要借助Forcite模塊自帶Analysis面板中的分析功能進行結果分析,這種方式雖操作簡單,但是能分析的參數(shù)有限;而在進階階段,將跳出Analysis面板的限制,研究Analysis面板無法計算的參數(shù),比如接觸角、相對介電常數(shù)、玻璃化溫度等。
本課程將結合大量的算例進行講解,每個算例都會按照“構建模型→設置計算參數(shù)→運行計算→計算結果分析與可視化展示”的邏輯順序進行講解。Materials Studio軟件(MS)具有高效的模型構建、友好親和的操作方式、強大的多模塊交互協(xié)作、美觀大氣的圖形輸出,本課程將使用MS來講解,主要使用Amorphous Cell、Forcite模塊。
課程時間:11月28-29日
課程形式:線上直播+微信群專屬答疑
講師簡介:
月只藍博士,12年Forcite模塊MD模擬經驗,已為國內幾十所高校提供分子模擬技術支持發(fā)表SCI論文超過100篇,包括AFM、ANGEW CHEM、APPL CATAL B-ENVIRON、CEJ、AIChE、Small Methods、JMCA等高質量期刊。月只藍曾獲研究生數(shù)學建模競賽國家級一等獎,具有豐富的Perl腳本編寫經驗,編寫各類Perl腳本近百個。
月只藍已為國內外數(shù)百名碩士、博士、高校教師提供分子模擬技術輔導,已有十幾名學員憑借高質量分子模擬論文的發(fā)表(學員發(fā)表論文包括JACS、CEJ、AIChE、JPCE等),被國外名校、國內985大學博士錄取,或被高校、科研所錄用為講師、副教授。
適用學員:
所有想深入學習Forcite分子動力學的學員。
本課程屬于進階性質,參與課程的學員應具有Forcite分子動力學的理論和實踐基礎,包括:已掌握常見模型的構建方法、基礎核心參數(shù)(力場、電荷、范德華力和靜電力計算)的設置方法、MD核心參數(shù)(系綜、初始速度、時間步長、恒溫器、恒壓器)的設置方法、模型中特定分子識別和選取的方法,并了解MS中Perl腳本的使用流程。
推薦學員先參加我們Forcite分子動力學基礎班的學習,獲取足夠的知識儲備和技能積累,再學習本課程,效果更佳。
學員專享待遇:
1. 課程視頻無限次回看
2. 課程培訓課件
3. 專屬答疑群(學員專享,提供及時、高效的答疑)
4. 計算結果文件(含課程全部案例、算例)
5. 專用腳本:
(1) 計算多組分中兩組分間相互作用能的腳本
(2) 計算多組分中兩組分間氫鍵個數(shù)的腳本
(3) 提取分子運動軌跡的腳本
(4) 提取分子受力、速度的腳本
(5) 計算自由體分數(shù)(FFV)隨模擬時間變化曲線的腳本
(6) 模擬拔拉過程的腳本
(7) 模擬平板擠壓、驅替過程的腳本
(8) 統(tǒng)計特定區(qū)域范圍內分子個數(shù)的腳本
(9) 模擬拉伸-斷裂過程的腳本
(10) 計算相對介電常數(shù)的腳本
(11) 計算表面張力、界面張力的腳本
(12) 計算玻璃化溫度Tg的腳本
(13) 計算熱導率的腳本
(14) 計算接觸角的腳本
其中(1)~(9)為自編腳本,從未公開、全網唯一。
課程費用:
學術用戶: 2499元;企業(yè)用戶: 4599元
報名前15名,立減499元;
*匯款時請注明:姓名+MD進階課
報名方式:
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聯(lián)系方式:
聯(lián)系人: 房經理
座機: 010-64951848
手機: 13832662125
Email: info@tech-box.com.cn
付款信息:
1. 轉賬匯款
名稱: 北京泰科博思科技有限公司
銀行: 中國建設銀行北三環(huán)支行營業(yè)部
賬號: 11001021200053001224
行號: 105100005043
2. 微信對公支付
* 注意!!! 請將付款憑證及開票信息(需備注:專票or普票)發(fā)送至我司郵箱,info@tech-box.com.cn; 收到款后我們會根據(jù)您的要求為您開具發(fā)票。
課程內容提綱:
第一天上午9-12時
課程內容:
1 課程簡介與內容安排(理論學習) (0.5學時)
1.1 課程教學目的
1.2 課程教學特點
1.3 課程教學具體內容安排
2 多組分模型中兩組分間相互作用能、氫鍵個數(shù)的分析 (1學時)
2.1 研究背景
2.2 模型構建
2.3 Forcite模塊計算參數(shù)設置
2.4 相互作用能腳本的設置(Perl腳本)
2.5 氫鍵個數(shù)腳本的設置(Perl腳本)
3 模型中分子軌跡、受力、速度數(shù)據(jù)的提取 (0.5學時)
3.1 研究背景與計算原理
3.2 模型構建
3.3 Forcite模塊計算參數(shù)設置
3.4 分子運動軌跡數(shù)據(jù)提取與繪制(Perl腳本)
3.5 分子受力、速度數(shù)據(jù)提取(Perl腳本)
4 相對介電常數(shù)的計算 (1學時)
4.1 計算原理
4.2 偶極矩的計算和數(shù)據(jù)獲取
4.3 模型構建
4.4 Forcite模塊計算參數(shù)設置
4.5 腳本的設置(Perl腳本)
4.6 相對介電常數(shù)的結果分析
第一天下午14-17時
課程內容:
5 表面張力、界面張力的計算 (1學時)
5.1 計算原理
5.2 表面/界面張力模型構建的區(qū)別和要求
5.3 Forcite模塊計算參數(shù)設置
5.4 表面張力的計算(Perl腳本)
5.5 界面張力的計算(Perl腳本)
6 玻璃化溫度Tg的計算 (1學時)
6.1 計算原理
6.2 模型的構建
6.3 腳本參數(shù)設置(Perl腳本)
6.4 玻璃化溫度Tg的數(shù)據(jù)分析
7 熱導率的計算 (1學時)
7.1 熱導率的計算原理
7.2 模型構建的要求
7.3 Forcite模塊計算參數(shù)設置
7.4 腳本計算參數(shù)設置(Perl腳本)
7.5 熱導率結果提取與溫度梯度分析
7.6 溫度分布可視化
第二天上午9-12時
課程內容:
8 內聚能密度、粘度、自由體積分數(shù)的計算 (1學時)
8.1 研究背景
8.2 計算原理與公式
8.3 模型構建
8.4 Forcite模塊計算參數(shù)設置
8.5 內聚能密度的計算
8.6 粘度的計算
8.7 自由體積分數(shù)分析(Perl腳本)
9 表面潤濕性與接觸角的計算 (1學時)
9.1 研究背景
9.2 模型構建
9.3 Forcite模塊計算參數(shù)設置
9.4 腳本參數(shù)設置(Perl腳本)
9.5 接觸角分析
9.6 潤濕可視化與變化曲線
10 拔拉模擬評估填料與基材之間的結合力 (1學時)
10.1 研究背景
10.2 模型構建的技巧
10.3 模型平衡的計算參數(shù)設置
10.4 拔拉模擬的腳本參數(shù)設置(Perl腳本)
10.5 拔拉過程結果可視化
10.6 拔拉過程的結合能曲線分析(Perl腳本)
10.7 拔拉過程的氫鍵分析(Perl腳本)
10.8 拔拉過程的填料速度分析
11 平板擠壓實現(xiàn)驅替的模擬 (1學時)
11.1 研究背景
11.2 模型構建的技巧
11.3 模型平衡的計算參數(shù)設置
11.4擠壓模擬的腳本參數(shù)設置(Perl腳本)
11.5 擠壓過程結果可視化
11.6 擠壓過程的結合能曲線分析(Perl腳本)
第二天下午14-17時
課程內容:
12 單層材料過濾分子的模擬 (1學時)
12.1 研究背景
12.2 模型構建的技巧
12.3 模型平衡的計算參數(shù)設置
12.4 腳本的參數(shù)設置(Perl腳本)
12.5 透過分子個數(shù)的統(tǒng)計分析(Perl腳本)
13 材料拉伸斷裂的模擬 (0.5學時)
13.1 研究背景
13.2 模型構建的技巧
13.3 腳本的參數(shù)設置(Perl腳本)
13.4 計算結果分析
14 MD模擬開展策略與論文發(fā)表結果輸出 (0.5學時)
14.1 MD模擬開展的策略與建議
14.2 MD結果的輸出建議
課程內容提前預覽:
第1節(jié):課程簡介與內容安排
使用Forcite模塊和該模塊自帶的Analysis面板,可以模擬很多實際過程,諸如:混合過程、吸附過程、擴散過程等,可以分析常見的性質參數(shù),包括:動態(tài)性質、統(tǒng)計性質、結構性質。隨著研究的深入,需要進一步挖掘、拓展MD模擬的應用范圍,設計更復雜的模型,并輔以大量腳本的使用,從而研究更加復雜的實際過程,分析更復雜的結果參數(shù)。本講將Forcite分子動力學的學習過程劃分為兩個階段,比較兩個階段的區(qū)別和學習目的,明確本階段的學習內容,讓本課程的學習變得清晰而有條理。

第3節(jié):模型中分子軌跡、受力、速度數(shù)據(jù)的提取
分子動力學模擬完成后得到的軌跡文件,是用于后續(xù)計算結果分析的主要原材料。提取軌跡文件中分子的位置坐標、受力、速度等數(shù)據(jù),不僅可以用于分子運動情況的直觀展示,還可以用于更深入的結果分析。本講將介紹使用腳本來提取軌跡每一幀中分子位置坐標、受力、速度的數(shù)據(jù)。

第9節(jié):表面潤濕性與接觸角的計算
潤濕性是固體表面重要的性質之一,可以使用接觸角這一參數(shù)來定量描述。本講介紹使用Forcite模塊結合腳本,進行固體表面上水滴的潤濕模擬,重點講解適用于潤濕模擬模型的構建、接觸角計算腳本的參數(shù)設置、潤濕構型的可視化與接觸角變化曲線的繪制。

第13節(jié):材料拉伸斷裂的模擬
材料的拉伸過程模擬是材料性能研究領域非常感興趣的課題。本講以碳納米管的拉伸-斷裂過程模擬為例,講解使用腳本的方法模擬材料的拉伸斷裂,并繪制該過程中的應力-應變曲線。

Materials,Studio
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