Amber

Amber力場(chǎng)是一套生物分子模擬的分子力場(chǎng)。Amber分子模擬軟件包，由AmberTools和Amber組成，Amber是一個(gè)多個(gè)程序的集合包，大約包含60多個(gè)程序，每個(gè)程序之間可以很好的相互協(xié)調(diào)。Amber實(shí)行高效的并行計(jì)算，可以很好的處理大分子、有機(jī)物分子、隱（顯）式溶劑模型，在生物、化工領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用。

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產(chǎn)品描述

Amber—分子模擬軟件包

Amber力場(chǎng)是一套生物分子模擬的分子力場(chǎng)。Amber分子模擬軟件包，由AmberTools和Amber組成，Amber是一個(gè)多個(gè)程序的集合包，大約包含60多個(gè)程序，每個(gè)程序之間可以很好的相互協(xié)調(diào)。Amber實(shí)行高效的并行計(jì)算，可以很好的處理大分子、有機(jī)物分子、隱（顯）式溶劑模型，在生物、化工領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用。

主要功能：

● 經(jīng)典分子動(dòng)力學(xué)模擬。

● 包括Quantum Mechanics/Molecular Mechanics（QM/MM）。

● 支持particle-mesh Ewald（PME）算法的顯式溶劑模型，與generalized Born、Poisson-Boltzmann方法的隱式溶劑模型。

● 結(jié)構(gòu)與軌跡文件分析。

● 用于生物分子模擬的力場(chǎng)（核酸、蛋白質(zhì)、碳水化合物和有機(jī)物分子）。

● 支持并行動(dòng)力學(xué)計(jì)算。

● 自由能計(jì)算（MM/PBSA等）。

主要程序

01

NAB/sff

該程序可以構(gòu)建分子結(jié)構(gòu)，使用generalized Born、Poisson-
Boltzmann或3D-RISM隱式溶劑模型運(yùn)行MD或應(yīng)用距離幾何約束。

02

Antechamber與MCPB

創(chuàng)建用于一般有機(jī)分子和金屬中心的力場(chǎng)的程序。

03

tleap和parmed

Amber模擬的基本準(zhǔn)備工具。

04

sqm

半經(jīng)驗(yàn)和DFTB量子化學(xué)程序。

05

pbsa

對(duì)Poisson-Boltzmann模型進(jìn)行數(shù)值解。

06

3D-RISM

求解積分方程模型以進(jìn)行溶劑化。

07

sander

用于分子動(dòng)力學(xué)模擬的主要程序。

08

gem.pmemd

使用高級(jí)力場(chǎng)的工具。

09

mdgx

主要通過參數(shù)擬合來突破Amber MD界限的程序。還包括可自定義的虛擬站點(diǎn)和顯式的溶劑MD功能。

10

cpptraj與pytraj

分析軌跡結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)的工具。

11

MMPBSA.py

基于能量的MD軌跡分析。
關(guān)鍵詞:
- Amber
- 分子模擬
- 有機(jī)物分子